機構設置
黨委及行政部門
- 學校辦公室
- 組織部、黨校
- 宣傳部
- 統戰部
- 紀委辦公室、監察處
- 巡察工作辦公室
- 直屬單位與機關黨委
- 學生工作处（部）、武装部
- 學生资助管理中心
- 團委、藝術教育中心
- 工會
- 離退休工作處（部）
- 保衛處（部）
- 教務處
- 教學質量監控與評估中心、教師發展中心
- 科學技術處
- 重大項目管理辦公室
- 人文社會科學處
- 研究生院、研究生工作部、學位辦
- 人事處、教師工作部
- 國有資産管理處
- 實驗室安全管理處
- 計劃財務處
- 審計處
- 发展规划与學科建設处
- 國際合作交流處、港澳台辦公室
- 招生與就業工作處
- 基建與規劃處
- 新校區籌建辦公室
- 對外聯絡合作處
- 信息化辦公室、網絡信息技術中心
直屬學院
- 建築與藝術學院
- 電子信息工程學院
- 計算機與信息技術學院
- 經濟管理學院
- 交通運輸學院
- 土木建築工程學院
- 機械與電子控制工程學院
- 電氣工程學院（汉能新能源学院）
- 理學院
- 馬克思主義學院
- 語言與傳播學院
- 軟件學院
- 法學院
- 詹天佑學院
直屬單位
- 威海校區
- 國際教育學院
- 體育部
- 遠程與繼續教育學院
- 圖書館
- 檔案館
- 北京交通大學出版社
- 後勤服務産業集團
- 校醫院
- 資産經營有限公司
- 社區居民委員會
其他單位
- 軌道交通控制與安全國家重點實驗室
- 軌道交通運行控制系統國家工程研究中心
- 國家軌道交通安全評估研究中心
- 國家軌道交通技術教育與服務中心
- 軌道交通安全協同創新中心
- 北京高校思想政治工作研究中心
- 川藏鐵路研究院
- 北京交通大學长三角研究院
- 北京交通大學深圳研究院
- 北京交通大學唐山研究院
- 海濱軌道交通綜合研發實驗基地
